Para excluir e-mails duplicados no Novell Evolution, você precisa instalar o plug-in remover duplicatas (em inglês), desenvolvido por Carlos Garnacho.
Na maior parte das distribuições, é necessário instalar tanto o Evolution quanto o evolution-dev (não é o caso do Gentoo). Baixe o plug-in, e execute o famoso ./configure; make; sudo make install. Deixe o código-fonte num canto, para o caso de querer executar um dia o sudo make uninstall. Obrigado a Juha K. Siltala pela dica!
(Eu sei que tenho outros assuntos para discutir… Mas fica para mais tarde.)
Leonardo Fontenelle 
Fala seu Leonardo,
Sei que seu post é de um ano e meio atrás, mas o evolution ainda está duplicando (e com pop). Tem ideia de porque não foi corrigido no fonte já que tem até plugin pra isso?
Abração.
Andre, não sei não.